Ursache für eine gestörte Darmflora sind meist äußere Einflüsse wieMedikamente (insbes. Antibiotika), Infektionen, Mangel- oder Fehlernährung oder übermäßiger Genuss von Alkohol oder Nikotin. Die „guten“ Darmbakterien werden hierbei abgetötet und machen Platz für schädliche Keime wie Fäulnisbakterien, Pilze oder Parasiten, die sich nun ungestört ausbreiten und vermehren können. Der Darm ist jetzt nicht mehr oder nur bedingt dazu in der Lage, seiner eigentlichen Funktion nachzugehen: die vollständige Aufschließung der Nahrung sowie Abbau und Ausscheidung von Giftstoffen. So entsteht nicht nur eine Fehlfunktion in der Zusammenarbeit zwischen Darmkeimen und Immunsystem, sondern mit der Zeit auch eine Schädigung von Darmschleimhaut und Darmwänden, was langfristig zu noch schwerwiegenderen Erkrankungen führen kann.